淡水河河口魚類可以分為水流中上層、中下層、和底棲三類。鯔科魚類因為分佈水域較廣，喜吞食底泥，又可見於河流中上層，因而屬於廣棲地者，不做分類。

分布於水流中上表層的魚類有短棘、黃斑、頸斑、黑邊、仰口、日本鑽嘴、灰鰭鯛、大肚魚、布氏金梭魚、四指馬魚發魚、大頭鰱、窩斑鰶、紅鰭?等。分布於中下表層魚類有虱目魚、鯽、鯉、裸頭雙邊魚、銀紋笛鯛、黑星笛鯛、單斑笛鯛、灰鰭鯛、黃鰭鯛、四線笛鯛、斑雞魚、七星鱧、尖吻鱸、大棘銀鱸等。底棲魚類有花身仔、星雞魚、頭孔塘鱧、蝦虎科、斑海鯰、鱔魚、日本鰻等。

在河道及淺水區魚類分佈，除了鯔科魚類常出沒於河道中，其他魚類例如頸斑、虱目魚、吳郭魚（混種）、芝蕪綾魚亦較有出現。鯔科幼魚、?科魚類及底棲魚類較常於水淺處現身。

[淡水河生態資料表格]

中上表層	中下表層	底棲
夏威夷海鏈	虱目魚	花身
鯡科	斑雞魚	星雞魚
清斑石鱸	鯽	頭孔塘鱧
鯷科	鯉	蝦虎科
短棘	裸頭雙邊魚	斑海鯰
黑邊	大棘銀鱸	日本鰻
黃斑	尖吻鱸	鱔魚
頸斑	銀紋笛鯛
仰口	黑星笛鯛
窩斑鰶	單斑笛鯛
日本鑽嘴	灰鰭鯛
灰鰭鯛	黃鰭鯛
布氏金梭魚	四線笛鯛
四指馬魚發魚	七星鱧
冠鱗單棘魨
六斑二齒魨
月尾兔頭魨
大頭鰱
大肚魚
紅鰭

[淡水河的魚類]

頸斑	長鰭凡鯔
花身	大鱗
白	鯔

白鯔淡水河流域鳥類計有9目、27科、61種，鳥類因受氣候季節，夏候鳥與冬候鳥類的遷移過境紀錄狀況非常明顯。鷺科鳥類中夏候鳥黃頭鷺大量減少，冬候鳥族群的大白鷺、中白鷺數量增加許多。家燕夏候鳥族群大量離開後，僅有少量度冬族群。鷸科、鶺鴒科鳥類過境數量明顯增加，但是停留時間短暫。紅尾伯勞為度冬候鳥族群的先鋒部隊，每年固定於8月中旬之後抵達台灣。

華江橋至中興橋段為華江雁鴨公園所在，10月以後度冬雁鴨開始大量出現，其中以小水鴨數量最多。關渡主要鳥類群集在堤防內自然公園範圍中為多數，堤防外以紅樹林為主要植被，鳥類群集數量不多。江子翠受到人為活動影響大，假日民眾活動人數多，鳥類紀錄數量就相對減少。社子基隆河段因堆積了不少的消波塊，與社子淡水河段鳥類差異很大，且有部份鳥類是由關渡紅樹林岸飛進而紀錄，此岸狀況應與台北橋、重陽橋歸屬一類為，人工設施影響下之貧鳥區段。

支流大漢溪新海橋，秀朗橋、福和橋段計以本土留鳥居多，新海橋段因有人工濕地的營造，因此吸引了少量的鷸科水鳥前來覓食。