為保護包括台北市全部及台北縣的三重、蘆洲、五股、泰山、新莊、板橋、土城、中和、永和等市鄉鎮，即「台北盆地」區內11,857公頃土地，650萬人民生命財產安全，「大台北防洪計畫」自71年開始進行，於85年完成，總計興建堤防60公里、水門39座、疏洪道1座；排水幹線49公里及鴨母港、四汴頭等抽水站29座；並改建台北橋、華江橋及浮洲橋，新建二重疏洪道橋及103線、108線及越堤疏洪道橋3座。本計畫完成後，使台北地區可獲得200年頻率防洪保護標準及改善排水系統，並保留大片濕地維持更佳的生態保育環境。

基隆河因河幅狹窄、河道蜿蜒曲折，每遇豪大雨，中下游段極易造成淹水情形。為改善此種情況，水利署已完成「基隆河治理基本計畫」，並自87年開始著手辦理「基隆河治理工程初期計畫」。嗣因瑞伯、芭比絲颱風過境，造成汐止地區嚴重水患，為及早減輕該地區洪災，並依實際需求調整治理計畫，遂針對汐止至八堵洪患較嚴重地區地區研提初期實施計畫，先行辦理低水護岸及急要段疏浚工程，以期獲得防禦十年一次頻率洪患之保護，目前正積極趕辦中。至於後續高水治理，則俟會同鐵、公路橋樑、堤後排水及水土保持機關，依「基隆河治理基本計畫」擬妥「基隆河整體治理規劃後」，再據以研提第二期實施計畫繼續辦理，以達到防禦200年一次頻率洪水之計畫目標。

基隆河目前治理情形：

1. 台北市轄段由台北市政府逐年編列預算辦理中，目前主流堤防均已興建完成；支流部分尚有內溝溪中游段（0k+900至2k+600），因屬中央管區域排水，尚未完成整治工程，其所需經費約11.7億元，已編列於基隆河整體治理計畫（前期計畫）內辦理。
2. 隆河整治初期治理實施計畫，計畫經費新台幣121.85億元，自民國八十八年起執行，於民國九十一年五月全部完成，在汐止及基隆市百福社區河段可達成防禦十年頻率洪水流量之標準。
3. 員山子分洪計畫：目前正由經濟部水利處水利規劃試驗所辦理環境影響評估、工程基本設計、水工模型試驗，而本局正辦理用地先期作業中。
4. 基隆河洪水預報及淹水預警系統更新改善計畫：目前正分別由本局、台北縣政府及基隆市政府依照計畫期程積極辦理中。