基隆河員山子分洪規劃可以追溯到民國52年及民國59年，由於當時係以治理淡水河為目標，故未予採行。民國76年10月琳恩颱風帶來豪雨，造成台北市廣大地區遭受水患。前台灣省水利局規劃總隊重新研擬員員山子築堰分洪之可行性。爾後，政府為積極推動基隆河治理計畫，經行政院會指示由經濟部統合各權責單位辦理「基隆河整體治理計畫規劃工作」，前經濟部水利處乃於民國89年4月完成「基隆河整體治理計畫規劃總報告(草案)」及「基隆河整體治理方案」陳報行政院，行政院指示:「宜考量優先推動員山子分洪工程之可行性」，於民國89年11月舉辦「基隆河整體治理計畫」簡報會議後裁示，推動員山子分洪計畫工作，並於民國90年核定員山子分洪工程計畫。

員山子分洪工程位於台北縣瑞芳鎮境內，工程起點位於基隆河主流上游瑞芳鎮瑞坩新村旁，分洪路線往北偏東方向以隧道方式將基隆河上游集水區洪水排入東海，員山子分洪工程位置如圖所示。