經濟部為水災中央災害防救業務主管機關，負責指揮、督導及協調水災災害防治，並配合各級相關行政機關，執行各項水災災害預防、緊急應變，及災後復原重建等工作。因此，統合所有治水單位成立經濟部水利署，針對全台各區域不同的水利需求，成立第一至第十河川局與水資源局、淡水河防洪指揮中心、濁水溪洪水預報中心、農田水利團隊、自來水事業團隊、北中南區水資源局等單位，而經濟部水利署的「水利防災中心」，更強化災害之預防、災害發生時之緊急應變，及災後之復原重建措施，有效執行防汛檢查等工作，在整個防災體系中，扮演重要的角色。

從中央到地方，組織了健全的防災體系，共同處理不可預知的颱風暴雨等水災害，經濟部水利署對於防災措施的具體做法可概要分為「積極建設」與「守視監測」，積極建設係針對容易發生水災害的區域，進行完整的評估診斷後，推動水利防洪工程，例如「大台北防洪計畫」就是採用「疏導」與「圍堵」兩大治水政策最好的例子。

防洪必須從上游開始，上游的水庫不但擁有儲水的功能，更有蓄洪的效益，因此大台北地區的翡翠水庫及石門水庫不但為下游居民帶來水得便利性也帶來了安全性。另外，員山子分洪隧道，就是針對最容易造成台北市氾濫成災的基隆河，加強其防洪標準，將基隆河上游的洪峰流量疏導至東海，降低中下游的水位，以避免溢堤氾濫，整治後受益範圍遍及台北縣市、基隆等區域。同時，為了疏導新店溪及大漢溪的洪流量，則開闢了二重疏洪道。而圍堵政策中，更沿淡水河及其支流兩岸，興建200年洪峰頻率的防洪堤、牆。

所謂守視監測乃運用現代科技工程技術與電腦資訊系統，將軟體與硬體相互整合，提供最周密的防洪系統。每當颱風來臨時，由中央氣象局發布海上陸上颱風警報，各級單位便開始啟動緊急應變防災體系，經濟部水利署的「洪水預報系統」，以先進的尖端通訊設備，成立洪水預警機制，透過「洪水預報系統」中的「水文氣象測報系統」，即時偵測各抽水站、水庫的雨量水位等訊息，依據狀況適時發佈水文情報，以提供「洪水預報模式」作精確的預判，並推估1~6小時後的河川水位。

同時，「水門、抽水站監測系統」能將水門抽水站的操作情形確實回報，有效執行防洪指令。而指揮中心內，則備有「資料展示系統」，統合所有資訊，一目了然。完整周延的「洪水預報模式」，透過微波衛星、無線電、中繼站等，精確傳遞防洪訊息，同時成立「水文資料庫」，將歷年重要水庫水位、地下水、雨量、潮汐等資料彙整，作為分析預判的基礎、即時掌握降雨量變化，下達最精確的判斷與行動。

一旦當水位到達警戒範圍，便由指揮中心下達指令，負責洪水通告與洪水警報的發布從颱風來襲開始，由中央到地方，透過嚴格監測、通報到指令執行，層層分工，縝密配合，有效的將颱風災害減至最低。然而，每一次颱風來臨不僅是防災體系的考驗，更是政府與民眾之間的共同考驗，當面臨緊急災害的發生，許多民眾仍會不顧生命安全，貿然進出警戒區域，對於防災的憂患意識不足，是目前仍需持續加強宣導的課題。唯有人民與政府措施相互配合，才能發揮水利防洪的最大效益。