經濟部依『災害防救法』第三條第二款規定為水災中央災害防救業務主管機關，負責指揮、督導及協調水災災害防救各級相關行政機關及公共事業執行及各項水災災害預防、緊急應變及災後復原重建工作。

經濟部水利署統合所有治水單位，針對全台各區域不同的水利需求，成立第一至第十河川局與水資源局、淡水河流域防洪指揮中心、濁水溪流域水情中心、台灣電力公司、自來水事業團隊、北中南區水資源局等單位，而『經濟部水利署緊急應變小組』，更強化災害之預防、災害發生時之緊急應變及災後之復原重建措施，有效執行防汛檢查等工作。