淡水河流域： 淡水河流域關渡至大漢溪匯流口長12.3公里河段，已依臺北地區防洪計畫完成治理工程，達到200年重現期距洪水頻率保護標準，河口至關渡則為生態環境保護、親水休憩及觀光休閒重要河段，不適合進行人為治理工程，目前採非工程方式，以疏散避難等防洪預警之河川管理為主。 另疏洪道右岸、疏洪道左岸高速公路以南河段已依臺北地區防洪計畫完成治理工程，達到200年重現期距洪水頻率保護標準，疏洪道左岸高速公路以北河段則於臺北地區防洪計畫第三期實施計畫完成20年重現期距洪水頻率保護程度之防洪工程。
大漢溪流域： 大漢溪原名大嵙崁溪，為淡水河系三大主要支流之一，本溪上游為石門水庫及其集水區，石門水庫下游主要支流有永福溪及三峽河。大漢溪上游為山谷地型，中下游為台地及沖積平原，人口集中中下游地區，土地度開發，境內交通便利。 大漢溪自大漢溪匯入淡水河主流處至三峽河匯流口，已依臺北地區防洪計畫範圍完成治理工程，達到200年重現期距洪水頻率保護標準；三峽河匯流口以上至石門水庫後池堰止，則依82年及84年大漢溪治理基本計畫完成相關治理工程，達到100年重現期距洪水頻率保護標準。 大漢溪自石門水庫蓄水範圍以上河段，為河川沖刷山谷之自然地型，屬石門水庫集水區範圍，應避免人為開發，亦不宜進行人為治理工程，目前以河川管理為主。
新店溪流域： 新店溪為淡水河水系三大支流之一，台北市、新北市重要之水源地區，山區約佔89%。為配合台北地區防洪計畫，新店溪自碧潭橋以下河段保護標準採重現期距200年，碧潭橋以上河段保護標準採重現期距100年。 新店溪自碧潭橋以上河道進入山區，兩岸受限於山坡，均為單槽斷面，且大部份未布設護岸或堤防。新店溪碧潭橋下游段屬平地，坡度較緩，於秀朗橋至碧潭橋間河道為複式斷面，高灘地部份已闢建為公園綠地，又因流經都會區，右岸自秀朗橋至碧潭吊橋上游約1,000公尺已興建堤防，左岸於民國98年興建永安堤防及頂城護岸，兩岸零星設有石籠護岸保護高灘。下游河口至中正橋河段屬台北地區防洪計畫範圍，故相關堤防、閘門、抽水站等防洪設施均已施設完備，上游秀朗橋至中正橋河段係屬台北市、新北市共管河段，兩岸防洪治理設施尚屬完備。
基隆河流域： 基隆河為淡水河重要支流之一，發源於新北市平溪區菁桐附近，早期南湖大橋以上河段並未列入大台北地區防洪計畫作整體計畫之治理，以近十數年來沿河都市鄉鎮開發已成定型，土地取得不易，配合措施無法整合處理，而南湖大橋以下河段除關渡及洲美地區河段外，各河段均達200年重現期防洪標準。經濟部水利署於民國89年11月研提加速優先推動「員山子分洪工程計畫」，期以分洪方式減少下游洪水量降低中下游之洪患風險。惟單獨實施員山子分洪並無法達到治理基本計畫200年重現期距洪峰流量保護程度，爰此，經濟部於91年4月提報「基隆河整體治理計畫（草案）」，並奉行政院指示優先擬定投資最少、功效最佳、對環境影響最少之「基隆河整體治理計畫（前期計畫）」，統合運用工程與非工程措施，除達成防範相當納莉颱風之保護程度，並達到200年重現期距流量防洪保護標準，各項工程均於94年汛期前完工，後續有關影響通洪之橋梁，業請各橋梁主管機關陸續辦理改建。
景美溪流域： 景美溪為新店溪中下游之一支流，流域位於台北市東南山區，上游主要支流永定溪發源於台北縣火燒寮山(EL.840m)附近，係由永定溪（流域面積31.96平方公里）及石碇溪（流域面積30.65平方公里）兩大支流於石碇鄉雙溪橋匯流後始稱景美溪，向西流經石碇、深坑、木柵、景美，於福和橋上游約700m附近匯入新店溪。 景美溪因行政管轄跨越台北市及新北市，故於權責分工上較為複雜，上游草地尾27.7斷面至計畫起點29.4斷面及下游河口至一壽橋下游台北、新北市界12.35斷面，為水利署與台北市共管河段；中游段一壽橋以上至草地尾27.7斷面為台北市轄河段，上游石碇鄉雙溪橋(斷面67)至終點草地尾台北、新北市界(斷面27.7)為水利署轄管河段。 景美溪草地尾以下河段，治理工程以築堤與堤防加高為主，且因住宅建物密集而緊鄰，已無空間可供河道拓寬之用，故僅能以工程手段「疏深河道、削減灘地」增加排洪斷面積，目前大部分河段已達到重現期距200年之保護標準，近年本分署已針對深坑區白鷺山莊及老實小鎮等亟須保護河段施作防洪工程進行保護。 景美溪草地尾以上河段屬山區台地型之蜿蜒河川，坡陡流急，河幅受兩岸台地及山谷範束，河槽狹窄而明顯；大部份河岸高於重現期距200年之計畫洪水位，且植生覆蓋良好而完密，僅小部份較低台地或凹岸，發生洪水漫淹或坡腳沖蝕之洪泛問題。故治理方針採「河川管理」為主，以維護河川自然生態及優美環境；輔以生態工法之「工程手段」，以保護低窪地區人民生命財產與防止河岸坡腳沖刷。
三峽河流域：
三峽河為大漢溪重要支流之一，往北流經三峽區，於長福橋前有市管區排麻園溪及福德坑溪匯入，流至溪北則有橫溪來會，繼續向東北方向流至土城頂埔附近注入大漢溪，為大漢溪主要支流。 三峽河治理基本計畫於民國81年2月17日依府建水字第155387號函公告，計畫範圍由下游與大漢溪匯流口(斷面S00)至圳仔頭(約位於目前三峽堰斷面S18A上游)止，保護標準採用100年重現期之洪水量，其間於民國86年11月25日依府建水字第169116號函辦理治理基本計畫第一次修正，民國100年12月14日依經授水字第10020214940號函公告治理基本計畫第二次修正，民國110年11月10日依經授水字第11020221850號函公告治理基本計畫第三次修正。 早期三峽河治理工程較為零星，僅下游右岸出口段為紓解土城地區交通於民國89年間開始興建「土城市城林橋至北二高間原頂埔工業區路堤共構工程」，是為三峽河較大型之工程計畫。近年來本分署戮力於三峽河河川治理，尤以中下游都市計畫範圍河段為首要保護目標，自民國91年起，陸續辦理「八張堤防興建工程」、「礁溪堤防下游延長工程」、「礁溪一、二號堤防改建工程」、「三峽河八安大橋下游右岸河段防災減災工程」、「三峽河八安大橋上游左、右岸河段防災減災工程」、「三峽河大同橋下游河段河川環境改善工程」、「三峽河東園護岸下游延長工程」，以及橫溪「橫溪二號護岸防災減災工程」、「橫溪右岸粗坑上下游堤防工程」等，本河段之堤防工程擺脫舊有河防構造物之呆板設計，無論是防洪需求上或河岸景觀上均能符合地方期待與需求，更能與水域周圍三峽老街的歷史建物、名勝古蹟、自然景觀融合，創造出兼具人文景觀及生態環境之親水空間。
磺溪流域：
磺溪發源於大屯火山群七星山北麓，主要流向為西南朝向東北方，與下游支流清水溪及西勢溪匯流後流入東海，長度約13.75公里，流域面積約50.8平方公里。本流域上游上游集水區主要為陽明山國家公園範圍，大致保持原始林相，而三和橋以下河川周邊土地利用以農耕為主，人口主要集中在下游右岸濱海區域之社寮、金山、磺港等地區，交通以省道台2線、台2甲線公路為主。
早期「磺溪治理基本計畫」於民國81年6月23日完成法定公告程序，其治理計畫範圍自清水坑匯流處(今斷面15-01處)至河口計畫漁港大橋止，為磺溪下游河段改道前公告範圍。而磺溪下游河段改道沿革，起因於台北縣政府(新北市政府前身)為謀徹底解決淤沙，先於民國71年辦理「磺溪漁港改善及磺溪改道可行性試驗規劃工作」初步規劃研究，再於民國77年辦理「配合磺港漁港擴建計畫磺溪出海口改道研究試驗工作」，經數值模式計算及水工模型試驗結果得知磺溪河口段改道甚為可行，而後擬具「磺溪下游河段變更水道計畫書」，由臺灣省政府於民國82年9月29日八二府建水字第173858號公告局部變更磺溪下游河段水道計畫及改道計畫用地範圍圖，新增劃設改道計畫起終點、水道治理計畫線及水道治理計畫用地範圍線，同時廢除自改道計畫起點至磺港大橋間原公告水道治理計畫線及水道治理計畫用地範圍線。
磺溪治理以「安全為導向，生態為考量」為基本方針，中下游除以防洪建造物新建整建及加高等河道治理措施，以確保既有堤防安全，維護臨河聚落防洪安全外，應放寬流路作為提供儲砂蓄洪之空間，維持河道穩定。上游今後應採取「河川管理」手段為主，以為維持磺溪自然河相。