本分署轄區為人口密集之台北都會區，未來將持續朝向因地制宜，透過公民參與機制，在兼顧安全、生態與景觀，並在柔性自然理念下，以流域綜合治理，創造河川多樣化水環境，保障防洪效能，順應時代的潮流並符合民眾的需求方向努力。
工作願景：
一、因應氣候變遷挑戰：
1. 優先辦理尚未完成治理及潛在淹水危險河段，並檢討原有防洪設施，補強防洪效能，以減緩衝擊。
2. 流域整體規劃推動綜合治水，建構完善之防洪禦潮體系，藉由工程及非工程措施，提高保全對象耐災能力。
3. 強化防災、緊急應變、健全洪水預警與搶救災機制，降低災損。
二、塑造優質水環境：
1. 營造人水共存之自然親水空間、休閒遊憩場所與水域環境，提昇都市生活品質。
2. 結合在地文化，宣導環境生態保護觀念，塑造各河川景觀特色，以符合都會區整體發展需求。
三、逕流分擔與出流管制：
1. 為因應氣候變遷異常降雨，水利署提出流域內逕流分擔及土地開發出流管制之治水新政策，希能藉由水道及土地共同分擔洪水方式，提升國土耐災程度，並研提相關水利法修正條文，已於107年5月29日獲立法院三讀通過。
2. 逕流分擔部分，將選擇特定的河川或區域排水，由各部會共同辦理兼具原設施功能及滯洪功能之公共設施，分擔下游水道需承擔之洪水。
3. 出流管制部分，則將要求開發單位要有適當設施吸納因開發增加無法入滲之地表逕流，避免流入下游水道造成負擔，另規定建築物應提升透水、保水及滯洪能力。透過公私部門共同分工合作，將能增加整體流域耐洪程度