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第二條:各機關（構）、委託機關或受託團體、機構（以下簡稱機關團體）辦理本辦法第五條規定，應繕具政務人員、直轄市長、涉及國家安全、利益或機密人員（含上開三類退離職人員）或縣（市）長建檔名冊（格式如附件一）函送內政部移民署（以下簡稱移民署），並副知當事人；人員異動時，亦同。
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第五條:依本辦法申請進入大陸地區之人員應填具政務人員、直轄市長、涉及國家安全、利益或機密人員（含上開三類退離職人員）、縣（市）長或簡任（或相當簡任）第十一職等以上公務員進入大陸地區申請表（如附件二）及檢附必要佐證資料，並詳閱政務人員、直轄市長、涉及國家安全、利益或機密人員（含上開三類退離職人員）、縣（市）長或簡任（或相當簡任）第十一職等以上公務員進入大陸地區注意事項（如附件三）後簽章，由機關團體於公務員赴陸許可線上申請系統申請。
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第六條:申請人因辦理兩岸協商、執行特種勤務或處理緊急事故申請進入大陸地區，未及於本辦法第七條第一項及第二項規定之法定期間申請者，機關團體應主動聯繫移民署，並傳真説明書，電話：（０二）二三八八九三九三，分機二六七二或二六四五，傳真：（０二）二三八九七一五四。經審查符合規定者，始得依第五點程序申請進入大陸地區。
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第十一條:依本辦法申請進入大陸地區之人員，應於返臺後七個工作日內，填具赴陸人員返臺通報表（如附件五）。現職人員送交所屬機關（構），機關首長送交所屬機關之上一級機關，縣（市）長送交移民署，直轄市長送交行政院，受委託人員送交委託機關；管制赴陸之退離職人員送交原服務機關（構）、委託機關備查。