除上述台北地區防洪、基隆河治理及員山子分洪等重大專案計畫外，本局亦持續辦理各項年度河海堤工程，近年辦理工程主要分為下列各類: (1)「重要河川環境營造計畫」─防災減災及河川環境改善工程。(2)「海岸環境營造計畫」─海岸環境改善工程。 (3)「區域排水整治及環境營造計畫」。(4)「易淹水地區水患治理計畫」─河川排水及事業海堤改善。 (5)「莫拉克風災重建計畫」。(已執行完成) (6)「民間參與馬祖南竿海水淡化廠興建及營運計畫」。（已執行完成）(7)「流域綜合治理計畫」