員山子分洪於平時豪大雨期間，當攔河堰前水位達EL62.4公尺時，本局即派員進駐員山子分洪管理中心，全天候監控分洪設施及水位雨量資料，至於颱風警報期間則配合淡水河流域防洪指揮中心二級開設，由本局副局長率隊進駐管理中心，負責監控及分洪操作。
分洪方式係依基隆河水位採自然溢流方式分洪，僅需操作排砂道閘門，其操作依「基隆河員山子分洪操作規定」第4條排砂道閘門操作規定如下：
（1） 平時運轉：攔河堰上游堰前水位低於標高63.0公尺時，排砂道閘門維持全開狀態。
（2） 分洪運轉：攔河堰上游堰前水位升至標高63.0公尺時，全閉排砂道閘門。於洪水消退，水位退至標高62.5公尺時，開啟排砂道閘門，回復平時全開狀態。
分洪操作時亦依各階段通報淡水河流域防洪指揮中心，並由指揮中心納入淡水河洪水警報一併發布，播放警報如下：
（1） 分洪預警：攔河堰上游堰前水位到達標高62.5公尺時。
（2） 分洪警報：攔河堰上游堰前水位達標高63.0公尺開始分洪時。
（3） 緊急警報：攔河堰上游堰前水位達標高67.2公尺隧道滿管時。
整個分洪設施之運轉與維護均採自動化之監控系統，主要監控系統架構可概分為3個系統：(1)水文（觀測系統:包括水位計、戶外型攝影機、聲波流速及微波表面流速觀測儀。(2)分洪警報系統:包括緊急廣播系統及資訊顯示LED看板。(3)結構安全監測系統:（:計有水壓計、荷重計、計測岩栓、伸縮儀及混凝土應變計，其中混凝土應變計即埋設於隧道沿線襯砌混凝土中，以量測襯砌結構之受力情形。
至於在營運管理及安全維護方面，本計畫於進水口設置「基隆河員山子分洪管理中心」，專責分洪設施之維護、管理及操作等業務。