本工程係於基隆河上游瑞芳河段興建一高8公尺、長30公尺之攔河堰，並於攔河堰上游右側設置側流堰，採自然溢過分洪堰方式導引洪水至全長2483.5公尺，內徑12公尺之分洪隧道，經基隆山西麓，於台二線里程約79公里處流入東海，另外在攔河堰上游設置梳子壩，以阻攔大型流木及巨石，防止阻塞及保護隧道內壁安全。
員山子分洪工程結算金額約39.94億元，自91年6月5日開工，原預定93年10月4日完工，因受93年間3度應急分洪影響，展延至94年10月28日全部完成；為確保分洪功能及爭取時效提早完工，主體工程經濟部水利署採最有利標之統包方式執行，統包商得標後在基本設計架構下，須負責工程細部設計及施工，分洪結構細部設計並須經過水工模型驗證分洪功能，另委託專業單位辦理施工及營運期間環境監測及評估作業。
