基隆河為淡水河水系三大支流之一，發源於新北市平溪區，幹流長約86.4公里，經瑞芳、七堵、汐止、內湖、南港等地，流至臺北市關渡匯流入淡水河，流域面積約490.91平方公里，河道蜿蜒而平緩，因近年來兩岸人口快速聚集，致河道窄縮排洪不易；因此，低窪地區常遭洪水氾濫成災，在兩岸已高度開發、河槽受限下，洪患頻仍，經歷琳恩、瑞伯及芭比絲等颱風，均造成沿岸大規模淹水災情。
經濟部水利署為早日解決基隆河沿岸水患問題，於88年起推動「基隆河治理工程（初期實施計畫）」，以先完成防禦10年一次洪水頻率之保護目標，初期計畫執行期間，復遭受89年象神及90年納莉颱風肆虐，造成更嚴重之損失及人員傷亡災害，行政院為展現整治之決心與魄力，指示經濟部水利署評估各種方案後，以員山子分洪工程最有具體效果，並可避免徵收大量私地與橋樑改善，減少整體治理工程經費，於89年11月奉行政院長指示立即推動相關計畫。