基隆河整體治理計畫（前期計畫）由於係採跨部會、縣市政府，多機關分工並行執行制，執行過程必當有需整合、協調、分工、分進及追蹤管制事項，因此行政院核定由經濟部成立「經濟部基隆河治理推動小組」，負責特別條例執行之政策、重要策略及管制考核之協調決策事項。推動小組由相關部會、縣市政府副首長及專家學者組成，以經濟部長為召集人。另成立「經濟部基隆河治理工作小組」負責相關單位在執行過程中技術及事務性之溝通、協調事項，工作小組由各部會及縣市政府之實際執行單位代表組織，以經濟部水利署長為召集人。至執行事宜，則由各執行單位辦理。經濟部水利署由於負責規劃、設計、計畫管理及員山子分洪工程與河道治理工程，工作繁重，經動員全台八個河川局派員支援負責實際設計發包監造事項。