行政院於91年編列「中央政府基隆河整體治理計畫（前期計畫）特別預算」，其執行期間為91 年度至94 年度，由於其內容包括各相關部會及補助地方政府之預算，故統籌由行政院編製。
特別預算案歲出共編列316 億1,573 萬元，包括：
（1）內政部主管446,460 萬元。
（2）財政部主管574 萬3 千元。
（3）經濟部主管2,490,988 萬7 千元。
（4）交通部主管191,890 萬元。
（5）行政院農業委員會主管31,660 萬元。
合 計 3,161,573 萬元。
立法院於91年7月17日舉行同一次臨時會第1 次會議進行討論特別預算，審議結果同意「歲出政事別依歲出機關別審查結果照列」。