本計畫需征收工程用地724公噸，搬遷住家工廠上萬戶，對搬遷戶之征收補償及安置需妥善辦理。工程位於人口密集市區內施工，需考慮如何避免及減低對環境沖擊。採取必要之配合措施如下：
◆ 提高征收補償
為照顧拆遷業主權益，減低其損失，用地徵收均採台北縣內最優厚標準辦理補償。
◆ 儘量減少拆遷
為妥善安置工程用地上需拆遷之合法房屋及工廠，辦理拆遷安置計畫。
合法建物所有權人可選擇由政府補助前四年貸款利息辦理自行購屋。或申請配售新莊塭仔圳、板橋江仔翠興建安置住宅；合法工廠，優先安置於五股工業區內。
◆ 防洪與環境並重
為促使工程施工與環境調和，將干預與影響減至最低，進而提昇居民生活品質，採取配合措施：
1. 堤後坡植栽綠美化，以調和堤防與居住環境間之隔離壓迫感。
2. 河道凸岸區段低水治理採自然緩坡，供自然生物息棲，及階梯護坡增加親水性。
3. 基樁施工採用低噪音、無振動之預植工法，避免影響鄰近居民生活。
4. 設置專用混凝土拌合場，以提高工程品質控制，且其運輸均利用環河便道或工區內便道，以避免增加已飽和之市區道路交通流量。
◆ 防洪與環境並重
大漢溪河道內原有三重、新莊、板橋、樹林、土城等5處垃圾場，配合河道疏浚辦理清運，避免妨礙洩洪並協助改善水質污染。
◆ 辦理淡水河洪水預報更新計劃