在成立淡水河流域專責管理單位前，經濟部水利署為辦理淡水河流域水文資料蒐集分析工作，提供流域內防汛作業機關應變參考，頒布「淡水河流域水情中心作業要點」並設立「淡水河流域水情中心」(原為經濟部水利署淡水河流域防洪指揮中心)，利用傳訊科技收集之水文氣象即時資料，進行展示、分析與研判，以提供相關單位研擬防洪操作方案，據以下達防洪操作決策，以建立整體防洪目標，提高各項防洪設施功能，並提供社會大眾即時水情訊息。
水情中心置召集人一人，由水利署指派人員兼任；副召集人一人，由水利署第十河川局局長兼任；執行秘書一人，由十河局副局長兼任；下設聯絡組、水情組、水門組、預報組、電機組、總務組及公關組，幕僚工作由十河局、水利署北區水資源局、內政部營建署下水道工程處、臺北市政府、新北市政府、桃園市政府及基隆市政府等現有人員指派兼任。
為使水情中心不因外力影響而導致無法正常運作，相關設備與系統均有備援機制，簡述如下：
1.視訊會議系統：具多套視訊會議系統設備，每月均進行測試，於颱風豪雨來襲前，並視颱洪情勢與水利署、水庫管理機關及相關防汛單位進行視訊會議，即時溝通防災資訊與研議應變作為。
2.電力備援系統：備有不斷電系統與柴油發電機，均定期進行維護與補充油料，可確保水情中心於市電中斷時不受影響。
3.資料處理系統：水情中心資料除依資安規定儲存於機房伺服器，並備有同步資料儲存功能以及異地備援機制，如此，於硬體設備故障或機房毀壞時，仍可完整保存完整水情資料。
4.水情蒐集系統：為確保水情資料不因單一鏈路發生異常而全數中斷，水情中心以多種管道與傳輸方式取得資料，如：數位傳輸、無線電、多工微波及NB-Iot等，並進行即時資料監測與定期維護，以求水情災情訊息即時傳遞，俾利預警資訊及搶險工作有效展開。
5.衛星電話系統：每月均與水利署進行通話測試，於其他通訊方式完全中斷時，仍可保有與外界之聯繫管道。
水情中心為大臺北地區水情資料整合平臺，除十河局自建水情測站外，亦介接轄內相關單位之水位站、雨量站、CCTV、雨水下水道水位計、路面淹水感測器等資料，以期全面掌握防汛資訊，並配合GIS圖層、衛星雲圖，雷達回波圖等資訊，於雨量或水位到達警戒值時，自動推播簡訊或訊息提醒防汛人員注意，及早進行防災應變。水情中心後續亦將依防災需求，持續導入新科技與創新功能，強化並提升防汛應變工作量能。