| 87年10月13日 |
瑞伯、芭比絲颱風造成汐止、五堵地區嚴重水患，前經濟部水利處指示本所著手進行「基隆河員山子分洪計畫可行性檢討」。 |
| 89年10月31日 |
象神颱風，洪水淹沒區域約465公頃，淹沒範圍包括臺北市之文山、內湖、南港等區，臺北縣之瑞芳、汐止等鄉鎮及基隆市之暖暖、七堵區，造成59人死亡。解決基隆河沿岸淹水問題刻不容緩，加速員山子分洪工程推動。 |
| 89年11月1日 |
經濟部林部長義夫視察淡水河防洪指揮中心，指示儘速推動基隆河治理整體計畫，及早完成基隆河員山子分洪工程，減少汐止地區水患。 |
| 89年12月20日 |
經濟部水資源審議委員會第20次委員會議，有關基隆河員山子分洪工程計畫，遵照委員意見修正後陳報行政院。 |
| 90年5月11日 |
行政院核定同意辦理基隆河整體治理計畫─員山子分洪工程計畫，執行經費計約60億元。 |
| 90年9月16日 |
納莉颱風為基隆河歷年發生最嚴重之洪災，淹沒範圍包括臺北市之松山、內湖、南港、信義及中山等區，臺北縣之平溪、瑞芳、汐止等鄉鎮及基隆市之暖暖、六堵、七堵區，除造成104人死亡，另造成土地流失、農作物損失、房屋損失、財產損失、公共工程損失等，加速基隆河整體治理計畫推動。 |
| 90年12月31日 |
基隆河員山子分洪工程計畫環境影響評估於環保署審查有條件通過。 |
| 91年6月24日 |
基隆河員山子分洪工程於91年6月24日假臺北縣瑞芳鎮瑞柑新村舉行開工典禮，由經濟部林部長義夫主持，行政院游院長錫堃蒞臨指導。 |
| 92年12月1日 |
員山子分洪隧道貫通：
92年12月1日基隆河員山子分洪隧道貫通典禮恭請陳總統水扁及游院長錫堃主持按鈕貫通儀式。 |
| 93年9月11日 |
第1次啟動基隆河員山子分洪。 |
| 94年10月28日 |
基隆河員山子分洪工程全面完工：
基隆河員山子分洪工程係以「統包」方式發包，自91年6月5日開工後，因用地取得、施工變更、追加環境景觀工程及911水災、納坦颱風與南瑪都颱風三次通水影響，以及94年海棠、馬莎、泰利颱風等因素，全部工程於94年10月28日竣工。 |
| 112年9月26日 |
經濟部組織改造，員山子分洪管理中心正式成立。 |