本局資訊機房位於新大樓二樓中情中心，裡面除了有伺服器並還擁有環控、監控等設備，機房內的伺服器透過數據網路或微波等通訊方式負責彙整及蒐集淡水河流域內各機關相關即時資訊，以供流域基礎研究及及時水情展示之用，汛期時則及時提供監測及預報之流域內各河川水位、集水區降雨分布情形提供各防災單位防汛作業之參考，並經由網際網路提供社會大眾及時防汛訊息，因而如何確保機房之正常及順暢之運轉，機房環控系統扮演了非常重要的腳色。
機房監控系統是主要是針對機房所有的設備及環境進行集中監控和管理，其監控對象包括機房動力和環境等設備（如：配電、UPS、空調、溫濕度、漏水、門禁、安防、消防、防雷等）。透過監控主機對各個子系統集中監控，發現故障或參數異常，即時以簡訊通報機房管理人員，達到告警目的並記錄歷史數據和報警事件，提供後續改善或診斷建議
為因應即將來臨之汛期，本局已於3月17日完成環控機房檢測作業，檢測的範圍包括消防、偵煙、漏水及電力，經檢測結果顯示相關系統都能正常運作。